MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Helicobacter pylori Aklavik86 plasmid p1HPAKL86

Total Repeats: 210

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_019564	A	6	6	241	246	100 %	0 %	0 %	0 %	425791555
2	NC_019564	AAGA	2	8	283	290	75 %	0 %	25 %	0 %	425791555
3	NC_019564	TAA	2	6	303	308	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	425791555
4	NC_019564	ATG	2	6	320	325	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	425791555
5	NC_019564	TTA	2	6	340	345	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791555
6	NC_019564	GTT	2	6	694	699	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	425791556
7	NC_019564	GCACA	2	10	1138	1147	40 %	0 %	20 %	40 %	425791557
8	NC_019564	CAT	2	6	1185	1190	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	425791557
9	NC_019564	GTT	2	6	1195	1200	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	425791557
10	NC_019564	TTA	2	6	1202	1207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791557
11	NC_019564	T	6	6	1229	1234	0 %	100 %	0 %	0 %	425791557
12	NC_019564	GC	3	6	1252	1257	0 %	0 %	50 %	50 %	425791557
13	NC_019564	ATT	2	6	1898	1903	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791558
14	NC_019564	AGA	2	6	1904	1909	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	425791558
15	NC_019564	ACAAAA	2	12	1946	1957	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	425791558
16	NC_019564	A	6	6	2030	2035	100 %	0 %	0 %	0 %	425791558
17	NC_019564	CAC	2	6	2074	2079	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	425791558
18	NC_019564	ACC	2	6	2094	2099	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	425791558
19	NC_019564	TAA	2	6	2171	2176	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	425791558
20	NC_019564	AATAA	2	10	2349	2358	80 %	20 %	0 %	0 %	425791558
21	NC_019564	A	7	7	2419	2425	100 %	0 %	0 %	0 %	425791558
22	NC_019564	CAA	2	6	2525	2530	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791558
23	NC_019564	TCCA	2	8	2732	2739	25 %	25 %	0 %	50 %	425791558
24	NC_019564	AAGA	2	8	2784	2791	75 %	0 %	25 %	0 %	425791558
25	NC_019564	AAACAA	2	12	2868	2879	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	425791558
26	NC_019564	AAC	2	6	2931	2936	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791558
27	NC_019564	CAA	2	6	3104	3109	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791558
28	NC_019564	GT	3	6	3127	3132	0 %	50 %	50 %	0 %	425791558
29	NC_019564	A	6	6	3183	3188	100 %	0 %	0 %	0 %	425791558
30	NC_019564	AGA	2	6	3200	3205	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	425791558
31	NC_019564	CA	3	6	3233	3238	50 %	0 %	0 %	50 %	425791558
32	NC_019564	CAA	2	6	3323	3328	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791558
33	NC_019564	AGA	2	6	3359	3364	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	425791558
34	NC_019564	ACT	3	9	3469	3477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	425791558
35	NC_019564	CATG	2	8	3515	3522	25 %	25 %	25 %	25 %	425791559
36	NC_019564	A	7	7	3566	3572	100 %	0 %	0 %	0 %	425791559
37	NC_019564	AAATT	2	10	3608	3617	60 %	40 %	0 %	0 %	425791559
38	NC_019564	A	7	7	3704	3710	100 %	0 %	0 %	0 %	425791559
39	NC_019564	TGA	2	6	3726	3731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	425791559
40	NC_019564	ATCA	2	8	3745	3752	50 %	25 %	0 %	25 %	425791559
41	NC_019564	A	6	6	3834	3839	100 %	0 %	0 %	0 %	425791559
42	NC_019564	ATT	2	6	3856	3861	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791559
43	NC_019564	A	6	6	3871	3876	100 %	0 %	0 %	0 %	425791559
44	NC_019564	CAA	2	6	3905	3910	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791559
45	NC_019564	CAA	2	6	3971	3976	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791559
46	NC_019564	CAT	2	6	3987	3992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	425791559
47	NC_019564	GACAA	2	10	4153	4162	60 %	0 %	20 %	20 %	425791559
48	NC_019564	TTTCT	2	10	4224	4233	0 %	80 %	0 %	20 %	425791559
49	NC_019564	ATGC	2	8	4292	4299	25 %	25 %	25 %	25 %	425791560
50	NC_019564	ATA	2	6	4356	4361	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	425791560
51	NC_019564	AAT	2	6	4448	4453	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	425791560
52	NC_019564	AGA	2	6	4540	4545	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	425791560
53	NC_019564	ATT	2	6	5041	5046	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791561
54	NC_019564	T	6	6	5060	5065	0 %	100 %	0 %	0 %	425791561
55	NC_019564	GAA	2	6	5082	5087	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	425791561
56	NC_019564	AGT	2	6	5091	5096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	425791561
57	NC_019564	GGA	2	6	5099	5104	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	425791561
58	NC_019564	GAT	2	6	5268	5273	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	425791561
59	NC_019564	CAA	2	6	5358	5363	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791561
60	NC_019564	ATT	2	6	5409	5414	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791561
61	NC_019564	T	7	7	5417	5423	0 %	100 %	0 %	0 %	425791561
62	NC_019564	AGT	2	6	5426	5431	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	425791561
63	NC_019564	A	7	7	5443	5449	100 %	0 %	0 %	0 %	425791561
64	NC_019564	TGT	2	6	5492	5497	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	425791561
65	NC_019564	TAT	2	6	5523	5528	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791561
66	NC_019564	ATTT	2	8	5548	5555	25 %	75 %	0 %	0 %	425791561
67	NC_019564	AGAA	2	8	5635	5642	75 %	0 %	25 %	0 %	425791561
68	NC_019564	ATCA	2	8	5658	5665	50 %	25 %	0 %	25 %	425791561
69	NC_019564	AGA	2	6	5771	5776	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	425791561
70	NC_019564	AG	3	6	5779	5784	50 %	0 %	50 %	0 %	425791561
71	NC_019564	AAATT	2	10	5836	5845	60 %	40 %	0 %	0 %	425791561
72	NC_019564	GA	3	6	5859	5864	50 %	0 %	50 %	0 %	425791561
73	NC_019564	A	7	7	5890	5896	100 %	0 %	0 %	0 %	425791561
74	NC_019564	A	6	6	5910	5915	100 %	0 %	0 %	0 %	425791561
75	NC_019564	TGG	2	6	5928	5933	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	425791561
76	NC_019564	G	6	6	5957	5962	0 %	0 %	100 %	0 %	425791561
77	NC_019564	T	7	7	5972	5978	0 %	100 %	0 %	0 %	425791561
78	NC_019564	ATG	2	6	5979	5984	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	425791561
79	NC_019564	AG	3	6	6097	6102	50 %	0 %	50 %	0 %	425791561
80	NC_019564	ACA	2	6	6212	6217	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791561
81	NC_019564	CAA	2	6	6249	6254	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791561
82	NC_019564	GATT	2	8	6359	6366	25 %	50 %	25 %	0 %	425791561
83	NC_019564	GTG	2	6	6407	6412	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	425791561
84	NC_019564	A	7	7	6421	6427	100 %	0 %	0 %	0 %	425791561
85	NC_019564	T	6	6	6440	6445	0 %	100 %	0 %	0 %	425791562
86	NC_019564	CAAA	2	8	6494	6501	75 %	0 %	0 %	25 %	425791562
87	NC_019564	CAC	2	6	6502	6507	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	425791562
88	NC_019564	A	6	6	6522	6527	100 %	0 %	0 %	0 %	425791562
89	NC_019564	A	6	6	6565	6570	100 %	0 %	0 %	0 %	425791562
90	NC_019564	AAG	2	6	6604	6609	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	425791562
91	NC_019564	TGT	2	6	6624	6629	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	425791562
92	NC_019564	CAT	2	6	6650	6655	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	425791562
93	NC_019564	GTTA	2	8	6656	6663	25 %	50 %	25 %	0 %	425791562
94	NC_019564	CAT	2	6	6692	6697	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	425791562
95	NC_019564	AG	3	6	6717	6722	50 %	0 %	50 %	0 %	425791562
96	NC_019564	TGA	2	6	6726	6731	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	425791562
97	NC_019564	A	8	8	6731	6738	100 %	0 %	0 %	0 %	425791562
98	NC_019564	A	6	6	6744	6749	100 %	0 %	0 %	0 %	425791562
99	NC_019564	AT	3	6	6778	6783	50 %	50 %	0 %	0 %	425791562
100	NC_019564	T	6	6	6788	6793	0 %	100 %	0 %	0 %	425791562
101	NC_019564	CCAAAA	2	12	6846	6857	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	425791562
102	NC_019564	A	6	6	6854	6859	100 %	0 %	0 %	0 %	425791562
103	NC_019564	GA	3	6	6886	6891	50 %	0 %	50 %	0 %	425791562
104	NC_019564	AAT	2	6	6910	6915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	425791562
105	NC_019564	A	6	6	6922	6927	100 %	0 %	0 %	0 %	425791562
106	NC_019564	GT	4	8	6928	6935	0 %	50 %	50 %	0 %	425791562
107	NC_019564	A	6	6	6939	6944	100 %	0 %	0 %	0 %	425791562
108	NC_019564	A	6	6	6984	6989	100 %	0 %	0 %	0 %	425791562
109	NC_019564	TCT	2	6	7011	7016	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	425791562
110	NC_019564	TTTG	2	8	7019	7026	0 %	75 %	25 %	0 %	425791562
111	NC_019564	T	6	6	7047	7052	0 %	100 %	0 %	0 %	425791562
112	NC_019564	CAAA	2	8	7068	7075	75 %	0 %	0 %	25 %	425791562
113	NC_019564	TAA	2	6	7132	7137	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	425791562
114	NC_019564	GGC	2	6	7244	7249	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	425791562
115	NC_019564	ATC	2	6	7254	7259	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	425791562
116	NC_019564	AATC	2	8	7583	7590	50 %	25 %	0 %	25 %	425791563
117	NC_019564	T	7	7	7625	7631	0 %	100 %	0 %	0 %	425791563
118	NC_019564	TGT	2	6	7650	7655	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	425791563
119	NC_019564	A	6	6	7691	7696	100 %	0 %	0 %	0 %	425791563
120	NC_019564	GAT	2	6	7700	7705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	425791563
121	NC_019564	AAAT	2	8	7722	7729	75 %	25 %	0 %	0 %	425791563
122	NC_019564	TTGA	2	8	7833	7840	25 %	50 %	25 %	0 %	425791563
123	NC_019564	A	6	6	7880	7885	100 %	0 %	0 %	0 %	425791563
124	NC_019564	A	6	6	7922	7927	100 %	0 %	0 %	0 %	425791563
125	NC_019564	TG	4	8	7936	7943	0 %	50 %	50 %	0 %	425791563
126	NC_019564	TAT	2	6	7944	7949	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791563
127	NC_019564	TTA	2	6	8025	8030	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791563
128	NC_019564	GGT	2	6	8060	8065	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	425791563
129	NC_019564	ATT	2	6	8080	8085	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791563
130	NC_019564	T	6	6	8098	8103	0 %	100 %	0 %	0 %	425791563
131	NC_019564	ATA	2	6	8113	8118	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	425791563
132	NC_019564	CTT	2	6	8229	8234	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	425791563
133	NC_019564	ATT	2	6	8293	8298	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	425791563
134	NC_019564	GTT	2	6	8328	8333	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	425791563
135	NC_019564	AT	3	6	8345	8350	50 %	50 %	0 %	0 %	425791563
136	NC_019564	TTG	2	6	8410	8415	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	425791563
137	NC_019564	AAGT	2	8	8432	8439	50 %	25 %	25 %	0 %	425791563
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139	NC_019564	GTTT	2	8	8502	8509	0 %	75 %	25 %	0 %	425791563
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.